Hoyos no se centró en la dirigencia, sino en la asesoría y formación de líderes sindicales. Por esta razón, llegó a ser encargado para América Latina de la Federación Internacional de Mineros y de la Federación Internacional de Trabajadores de las Plantaciones Agrícolas y Similares. Paramilitares acabaron con la vida de Hoyos, tan valiosa para la organización laboral y para su familia, en su casa de Fusagasugá la noche del sábado 3 de marzo de 2001. La familia de Jorge fue víctima de seguimientos y amenazas porque en sus declaraciones a los medios reafirmaron su convicción de que el asesinato había tenido móviles políticos. Se tuvieron que ir a Bogotá refugiadas. Y aún allí siguieron las amenazas. Cinco veces cambiaron de casa para protegerse.