El Sr. Zapata t ambién integraba la organización de derechos humanos denominada "Colectivo Semillas de Libertad". El 3 de abril de 2000 un grupo de aproximadamente 500 paramilitares llegó a los municipios de Segovia y Remedios, ubicándose en la Finca Bellavista de la vereda Otu, municipio de Remedios. En documento manuscrito, remitido por Jesús Ramiro Zapata, a organismos de derechos humanos y que fuera recibido el día 3 de mayo en horas de la tarde expresó: "Del 15 de abril al viernes 28 han preguntado 8 veces por mí algunos paramilitares nuevos que no me conocen". En esta misma comunicación informaría que esta situación fue transmitida a las autoridades locales, señalando: "Frente al problema el Personero no funcionó. El alcalde tampoco".

Después de intensas persecuciones por el estado colombiano. El día 3 de mayo de 2000, siendo aproximadamente las 8: 30 p.m., Jesús Ramiro Zapata mientras se encontraba en el establecimiento público conocido como Pénjamo, ubicado en la calle principal del municipio de Segovia, fue abordado por varios hombres armados, quienes lo sacaron de allí. En horas de la madrugada fue recibida una llamada telefónica en su residencia, en la cual avisaban a sus familiares que fueran a recoger su cadáver en el sitio conocido como Providencia, en las afueras del municipio.